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2007年6月底，民間團體在調查永康舊糖廠（舊稱三崁店糖廠）內的日據時代神社遺址以及老樹時，意外發現這個交還自然17年演替形成的次生林，出現大量的諸羅樹蛙，這是台灣自1995年發現諸羅樹蛙後，曾文溪以南的首度發現記錄。當時「南科新天地」開發案動工在即，預計將開發舊糖廠10公頃中的9公頃做為住宅區，6月27日怪手進入清雜草、鑑界，清除2公頃的樹林，其中包括直徑已達80公分的芒果老樹，台南社大等民間團體找縣府城鄉局緊急協商，建商同意停工兩週，28日民間團體緊急動員，號召志工搶救樹蛙。

諸羅樹蛙是台灣蛙類中最後一個被發現的種類，為台灣特有種，出現在雲林、嘉義及台南平原地區的次生林中，三崁店糖廠宿舍面積大、林相複雜、隱密性夠，是目前已知單一面積最大的諸羅樹蛙棲息地。保育團體初步估計約有2千隻，由於各地的棲地大多呈現破碎化，族群難以擴張基因歧異度下降，目前亦無成功的移地復育經驗。台南另一個總爺糖廠的棲地亦是岌岌可危，對於不在保育類名單中的諸羅樹蛙來說，三崁店糖廠這塊大面積完整的棲地具保育的價值。

7月初，台南文化局會勘後決議將神社遺址約1公頃的土地化為暫訂古蹟，但台南社大等社團組成的「守護三崁店聯盟」，認為完整的棲地具有不可替代性，提出全區保留的意見，且必須經過一年以上的調查釐清族群分佈及數量問題，再來談開發。

7月中第1次的協調會中，台糖與建商無法接受此提案，雙方意見紛歧；9月初第2次協調會台糖同意停工到2007年底，台南縣長蘇煥智則是要求縣府釐清法律及土地權責問題再來討論。協調會結束之後地方成立「三崁店雙贏促進會」，配合維護廠區環境，守護聯盟也表達願意出動志工協助。

保育團體、開發單位及當地居民立場不同，地主台糖做為國營事業，基於活化資產的原則，積極土地開發利用；建商則表示已投入超過1億元資金，並與台糖簽約有開發期限，可配合暫停施工，但不可能無限期、無限度停工。有議員質疑三崁店附近的民地重劃申請困難，台糖變更建地卻進行順利。社區居民在協調會中則為開發及保育爭論不已，有些認為糖廠荒廢已久，又因無排水系統，易積水滋生病媒蚊，應要開發利用、繁榮地方；但也有里民認為永康市民需要大型公園，綠地可以帶動地方繁榮，如果僅有糖廠廠區的開發，只對台糖及建商有利。

目前三崁店諸羅樹蛙的未來仍是未知數，然而三崁店糖廠的價值不僅是做為諸羅樹蛙的珍貴棲地，糖廠中的老樹與古蹟、人文及歷史、自然力量的消長，亦讓我們了解人與土地、人與自然環境曾有的相處模式。

保育諸羅樹蛙並非塑造另一個明星動物，從此事件中也可看出野生動物保育法的缺失，台南社大黃煥彰亦指出法規內所含括的動物種數仍停置在10幾年前，不在保育名單內的物種卻不斷的消失。

保育團體與開發單位溝通協調的歷程，展現台灣野生動物保育中公民行動的力量，當地的台南社大、荒野等團體則在協調會後，即著手舉辦教育宣導活動，期待透過更多的關心及了解，使糖廠朝向生態公園發展。

開發與保育雙贏是眾人最期待的局面。嘉義三角里筍農們開發諸羅樹蛙生態標章竹筍的經驗，就是竹林與樹蛙保育產業雙贏的策略，雲林縣政府也曾表示願意投入資源，促成筍農與民間團體的合作，照顧農民生計也保育諸羅樹蛙。

思索三崁店糖廠事件，對於文化資產的保存、生命存在的價值，還需要更多的關心與了解；對於人與環境的共生共榮，我們還需更多的智慧來面對。