位在急水溪與將軍溪之間的北門濕地，其中包括了急水溪出海口、海汕洲南端、王爺港汕及陸上漁塭區以及其所圍成的潟湖、將軍溪出海口以及青山港汕北端，幾乎涵蓋了整個台南縣北門鄉的海岸，而且濕地生態豐富而完整。除了目前已畫定急水溪口以南、17號公路以西之王爺港沙洲及紅樹林生育地區為「北門沿海保護區」外，其他地區亦是相當珍貴、值得保護的區域。
北門濕地海岸堆積作用旺盛，形成潮汐灘地、潟湖、離岸沙洲等，擁有新月丘、鯨背丘等豐富地形景觀，由北而南分別為海汕洲、王爺港汕、青山港汕，其中因漂沙作用形成的王爺港汕與陸地圍成之潟湖，面積遼闊，除做為文蛤、牡蠣養殖之外，也於近陸地處開闢鹽田、魚塭，呈現一片沿海特有的景觀。位在將軍溪口的青山港沙洲，濃密的防風林已形成鷺鷥營巢區。小白鷺、黃頭鷺、夜鷺、白頭翁、棕背伯勞、鷦鶯、喜鵲等均在其中築巢繁殖。廣安宮北側的將軍溪河段擁有水筆仔紅樹林及土沈香，長期棲息於紅樹林生育地泥灘上的生物種類類多，且數量相當可觀，表現了複雜的河口生態，包括海茄苳、水筆仔紅樹林及土沈香，及多種沙地植物。鳥類則有白頭翁、秧雞等一百二十多種。可惜本區域水質受污染，底棲生物種類較一般濕地少。
潟湖東北部原分布有六十多公頃的紅樹林，但目前已受到北門海埔新生地開發時的影響而砍除，也有漁民認為紅樹林阻礙捕撈作業而砍伐河道的紅樹林。急水溪口北側的雙春海濱，由於林相茂密，魚塭羅列，沙灘淨潔，波濤如雪，台灣省旅遊局所進行的雙春濱海遊憩區的開發工作對海岸生態有相當大的威脅，不過由於地方政府人員編制甚少，經費短絀，無力經營管理，一直都無法對外開放，自然美景還能夠保持部分原始風貌。
除此之外，如北門海埔新生地、北門漁港等工程，皆曾使北門濕地的紅樹林大量消失，也影響本門濕地的生態環境。幸好台南縣政府近幾年來，在北門鄉雙春出海口復育海茄苳、欖李、五梨跤紅樹林，現已幾乎全部存活，正展現欣欣向榮的景觀，成為大量招潮蟹繁衍的溫床，展現濕地的旺盛活力。在這一帶海濱出現的招潮蟹，初步調查有台灣招潮蟹、清白招潮蟹、北方呼喚招潮蟹、弧邊招潮蟹、粗腿綠眼招潮蟹及三角招潮蟹、窄招潮等七種，除招潮蟹外，也有鋸緣青蟳、台灣厚蟹等多種螃蟹在紅樹林區出沒。
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