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台灣史前文化博物館南科考古陳列室座落在台南縣新市鄉。台南縣縣政府文化處指出，南科考古隊自民國84年辦理南科園區史前人類文化遺址搶救以來，迄今已有十二年餘，在南科園區及其週遭特定區至少發現六十處考古遺址。這些遺址中，已進行並完成發掘的地點共有三十二處，包括道爺、五間厝、三抱竹、北三舍、南關里、五間厝北、右先方、石頭埔、南關里東、五間厝南、大道公、牛尿港和道爺南等遺址。整個田野工作歷時之久、規模之大，在台灣考古工作史上，可說是空前。上述出土遺留，涵蓋的年代從距今四千八百年起，延續至距今三百年左右，幾乎完整地呈現出台灣的史前文化的變遷過程。自距今約四千八百年的大坌坑文化的南關里遺址起，至最晚約三百年前的西拉雅期，也都有完整的犬類骨架，其中南關里遺址出土的狗遺骸，堪稱台灣的第一隻狗。出土物有稻米、小米、豆類等植物種籽，也有來自澎湖的橄欖石玄武岩來製成斧、鋤、錛、鑿等工具，至於陶器質地，則以紅褐色泥質陶、暗紅褐色夾砂陶及灰褐色泥質陶為其主流。另在西拉雅期文化，則有鹿角、玻璃珠、玻璃環、安平壺等物品。

南科考古遺址自２０００年以來，陸續挖出稻米化石，總計數量將近２０萬顆。研究人員發現：南科稻米化石年代距今約４千５百年到５百年，從最早的大小不一，到顆粒愈來愈大，推測南科石器時代人類，已有育種觀念，且連同出土的小米、綠豆等化石，都是當時人類主要植物營養來源。最早稻米化石 距今４千５百年前南科考古隊長、現任樹谷基金會考古中心主任朱正宜解釋：南科出土的稻米化石，年代最久遠的距今約４千５百年，是台灣現今考古遺址中，所挖掘出最早的稻米化石。在南科周邊３０多處考古遺址中，都曾挖出稻米化石，但以「南關里東遺址」及「右先方遺址」兩處最多。

兩處遺址的稻米化石挖掘出土當時，地上密密麻麻的碳化稻米，呈散落狀，各約１０萬顆，推測兩處發現地點，可能都是「意外事件」現場, 所謂「意外事件」，指的是可能有人打翻盛裝稻米容器，致稻米散落一地。 還有小米綠豆 百餘種植物種子, 研究人員在清點及鑑定稻米化石過程中發現：４千５百年前的稻米化石，顆粒很小，但隨著年代演化，稻米化石顆粒愈來愈大。由此可推測，早在石器時代，人類已栽種稻米，且技術愈來愈進步，當時人類已有育種觀念。南科考古遺址除挖出現今台灣最早的稻米化石外，也挖出現今台灣最早的小米及綠豆化石，還有一百多種無法判別種類的植物種子。稻米、小米及綠豆可能是當時人類主要的植物營養來源，加上南科遺址出土的魚、貝類化石，推測石器時代至鐵器時代人類食物呈多樣性。

四千年前養狗畜豬 跨海找石材, 一般認為：石器時代人類，主要為填飽肚子而終日忙碌。但是考古學者從南科考古遺址出土文物研究發現：４千多年前人類已養狗、養豬，八成以上生活所需，都來自方圓一公里範圍內，且為尋找品質好的石材，甚至渡海到澎湖取得石斧、石錛等器物。以南科考古遺址來說，出土獸骨以狗骨頭最多，被考古人員戲稱為「台灣第一狗」的狗骨頭化石，就在南科「南關里遺址」挖掘出土，距今約４千５百年。另外南科考古遺址也挖出許多豬骨化石，從豬骨化石發現：當時豬隻都在１歲左右死亡，可能是當時飼養的家豬，約１歲即宰殺食用。南科考古遺址距台江內海很近，遺址出土的魚、貝化石以近海魚為主，再加上出土的稻米、小米、豆類化石及豬、狗等獸骨，大約可拼湊出石器時代人類取食範圍，大都在方圓１公里內，即使出門，也是天黑之前可回到家的範圍。石器時代南科人類生活，並非想像中為了填飽肚子，而終日忙碌，因飼養狗、豬，且可撈捕台江內海魚、貝類，且懂得種植稻米、小米、綠豆等，填飽肚子並不難, 倒是曾文溪流域一帶石材極缺乏，但南科遺址卻挖出產自澎湖橄欖石製成的石鋤、石斧、石錛等工具，朱正宜認為：４千多年前的人，已可划船直達澎湖。有石鋤等農耕用具，石器時代南科人類可節省耕作所耗費體力，相形之下，也有更多時間可以從事其他活動，且因生活所需都來自周遭環境，連狩獵都視為是體能訓練或娛樂，並非只為填飽肚子而獵捕其他動物。